O PPE possui diferentes comissões, formadas por docentes, discentes e, em alguns casos, membros externos.

Essas comissões são fundamentais para a gestão, avaliação, planejamento e desenvolvimento das atividades acadêmicas, administrativas e estratégicas do Programa. Atualmente, as comissões permanentes e seus integrantes são:

Responsável pela coordenação geral do Programa, acompanhamento das atividades acadêmicas e administrativas, deliberação sobre questões institucionais e representação do PPE junto à universidade e órgãos externos.

Atua na gestão e distribuição das bolsas de estudo, avaliando critérios de mérito, necessidade e desempenho, além de acompanhar o cumprimento das normas estabelecidas pelos órgãos de fomento.

Responsável pela organização e execução dos processos seletivos para ingresso de novos estudantes, incluindo análise de documentos, provas, entrevistas e divulgação de resultados.

Focada no desenvolvimento de parcerias institucionais, convênios, cooperações acadêmicas e articulação com outras instituições e setores, visando ampliar as oportunidades de pesquisa, ensino e extensão do PPE.

Conduz os processos de autoavaliação do Programa, propõe melhorias, monitora indicadores de desempenho e apoia a definição e execução do planejamento estratégico, em consonância com as diretrizes da CAPES.